W biokominkach jako paliwo używany jest płyn zwany biopaliwem, bioetanolem lub po prostu etanolem. Ściśle biorąc jest to alkohol etylowy (wzór chemiczny C₂H₅OH) o stężeniu około 96% zawierający też pewną ilość wody oraz specjalne dodatki.
Zgodnie z obowiązującymi regulacjami prawnymi producenci zobowiązani są do dodawania substancji skażających zapobiegających spożyciu alkoholu poprzez nadanie mu odrażającego smaku. Proces ten nazywany jest denaturacją. Rodzaj dodatków i czystość alkoholu decyduje o jakości paliwa. Biopaliwa wysokiej jakości palą się ładnym żółto – pomarańczowym płomieniem i nie wydzielają zapachu. Aby mieć pewność, że przy spalaniu nie wydzielają się żadne niebezpieczne substancje należy kupować tylko paliwa posiadające odpowiednie atesty.

Bioetanol produkowany jest w procesie fermentacji z jednorocznych roślin takich jak ziemniaki, zboża czy kukurydza. Etanol uważany jest za paliwo ekologiczne, odnawialne i bardzo przyjazne dla środowiska. Podczas spalania powstaje tylko dwutlenek węgla oraz para wodna. Składniki te są powtórnie wykorzystywane przez rośliny do wzrostu, tak więc obciążenie dla środowiska jest neutralne.

Jako paliwo etanol jest bardzo efektywny energetycznie w porównaniu na przykład z drewnem. Jego wartość opałowa wynosi około 30 MJ/kg, podczas gdy drewna tylko około 15 MJ/kg, a więc dwukrotnie mniej.

Gęstość etanolu wynosi około 0,8 kg/l. Wynika stąd wniosek, że w razie pożaru nie powinno się go gasić wodą. Najlepszym wyjściem jest użycie koca gaśniczego lub gaśnicy proszkowej (takie są na wyposażeniu samochodów).

Zużycie biopaliwa uzależnione jest od mocy paleniska. Średnio wynosi ono około 0,15 litra na godzinę pracy przypadającą na jeden kW mocy.

W wyniku spalania biopaliwa powstaje dwutlenek węgla i woda.
Interesująco wygląda porównanie biokominka z człowiekiem. Średnio jedna osoba wydala w ciągu doby około 1 kg dwutlenku węgla - tyle samo co po spaleniu około 0,7 litra etanolu. Zatem działanie biokominka o mocy 1 kW (na przykład model Manacor M) odpowiada emisji dwutlenku węgla wydychanego przez około 5 osób. To wyjaśnia dlaczego pomieszczenia w których zimą używa się biokominków powinny mieć odpowiednio dużą kubaturę oraz przynajmniej standardową wentylację. Aby nie zrobiło się zbyt duszno, pomóc może uchylenie lub otworzenie okna.